พระสมุทรเจดีย์หรือที่ชาวบ้านเรียกว่า พระเจดีย์กลางน้ำ ถือเป็นสถานที่ศักดิ์สิทธิ์ เป็นสัญลักษณ์ของจังหวัดสมุทรปราการ อันเป็นรูปองค์พระสมุทรเจดีย์ที่มีน้ำล้อมรอบ เป็นตราประจำจังหวัดสมุทรปราการ และกรมศิลปากรได้ขึ้นทะเบียนองค์พระสมุทรเจดีย์เป็นโบราณสถานแห่งชาติตั้งแต่วันที่ ๒๕ กุมภาพันธ์ ๒๔๗๘
พระสมุทรเจดีย์ เริ่มสร้างเมื่อครั้งพระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัยได้เสด็จมาสร้างเมืองสมุทรปราการเมื่อ พ.ศ.๒๓๖๕ ในครั้งนั้นพระองค์ทอดพระเนตรเห็นหาดทรายที่งอกอยู่ท้ายเกาะผีเสื้อสมุทร ทรงมีพระราชดำริที่จะสร้างพระมหาเจดีย์ขึ้นในบริเวณนั้น โปรดเกล้าฯ ให้พระเจ้าลูกยาเธอกรมหมื่นเจษฎาบดินทร์กับเจ้าพระยาพระคลังเป็นผู้อำนวยการสร้าง เมื่อกรมหมื่นเจษฎาบดินทร์ได้ขึ้นครองราชย์ ทรงพระนามว่าพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงเป็นธุระจัดการสร้างพระสมุทรเจดีย์ต่อไปตามพระราชประสงค์ของพระราชบิดา โดยทรงโปรดเกล้าฯ ให้เจ้าพระยาศรีธรรมราชกับพระยาพระคลังเป็นแม่กองในการก่อสร้าง ใช้ชาวลาวที่ติดตามเจ้าอนุวงศ์มาพระราชทานเพลิงศพพระพุทธเลิศหล้านภาลัยเป็นแรงงานขนต้นตาลมาจากเพชรบุรีมาฝังเป็นฐานรากของพระเจดีย์
การสร้างพระสมุทรเจดีย์เริ่มต้นขึ้นเมื่อวันอังคารขึ้น ๑๑ ค่ำ เดือน ๑๒ (๓๐ ตุลาคม ๒๓๗๐) สร้างเสร็จในวันพุธขึ้น ๑๕ ค่ำ เดือน ๗ (๒๘ ตุลาคม ๒๓๗๑) รวมใช้เวลาในการก่อสร้างนาน ๗ เดือน ๕ วัน
พระสมุทรเจดีย์ที่สร้างในครั้งนั้นเป็นเจดีย์ย่อมุมไม้สิบสอง ฐานล่างกว้างด้านละ ๑๐ วา สูงจากฐานล่างขึ้นไปถึงยอด ๑๓ วา ๓ ศอก ไม่ใช่รูปทรงที่เห็นในปัจจุบัน โดยใช้เงินทุนในการสร้างประมาณ ๒๓๓ ชั่ง
ต่อมาในสมัยพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงมีพระราชประสงค์ที่จะให้องค์พระเจดีย์มีความสูงสง่าขึ้นไปอีก เพื่อให้เรือที่เข้ามาจากอ่าวไทยได้แลเห็นโดยชัดเจนสมกับเป็นเมืองพุทธศาสนา จึงโปรดเกล้าฯ ให้ช่างไปถ่ายแบบพระเจดีย์ลอมฟางมาจากพระนครศรีอยุธยา
ภายในองค์พระสมุทรเจดีย์เดิมนั้น ได้มีการบรรจุพระบรมสารีริกธาตุไว้ด้วย แต่ถูกคนร้ายลักลอบขุดขโมยไปตั้งแต่รัชกาลที่ ๓ จนกระทั่งเมื่อพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว ทรงทราบเรื่องที่เกิดขึ้น จึงโปรดเกล้าฯ ให้อัญเชิญพระบรมสารีริกธาตุจำนวน ๑๒ องค์ จากพระบรมมหาราชวังมาบรรจุไว้แทน เมื่อวันอาทิตย์แรม ๓ ค่ำ เดือนยี่ (๓๐ ธันวาคม ๒๔๐๓)